ההיסטוריה היהודית-פורטוגלית היא אחת העשירות והמורכבות ביותר בתולדות העם היהודי — סיפור של פריחה תרבותית, גרוש, כפייה ושרידות.
ראשיתה של קהילה — מימי הרומאים ועד ימי הביניים
יהודים ישבו בחצי האי האיברי (ספרד ופורטוגל של היום) מאז ימי הרומאים, ולמעשה ייתכן שאף קודם לכן. ממצאים ארכיאולוגיים ומקורות כתובים מעידים על נוכחות יהודית בבירה הרומית Olisipo (ליסבון של היום) כבר במאה ה-1 לספירה.
בימי הביניים, תחת שלטון המוסלמים ואחר כך הנוצרים, נהנו הקהילות היהודיות בפורטוגל ממידה של אוטונומיה וחופש יחסי. ה-Judiarias — השכונות היהודיות — שגשגו בליסבון, פורטו, קואימברה, אווירה, ואחרות.
תור הזהב — המאות ה-13 וה-14
בשיאה, הקהילה היהודית בפורטוגל מנתה עשרות אלפי נפשות ופיתחה מרכזים תרבותיים ורוחניים מפוארים. חכמי תורה, רופאים, מתמטיקאים, אסטרונומים ושרי כספים יהודים שרתו את הממלכה הפורטוגלית ותרמו רבות לתרבותה.
בין הדמויות הבולטות: Don Isaac Abravanel (1437–1508), פרשן המקרא הגדול ושר הכספים, ו-Abraham Zacuto, האסטרונום שיצירותיו סייעו לנווטים הפורטוגלים בגילוי הדרך לים לאפריקה ולהודו.
הגרוש — 1496
בשנת 1492 גורשו יהודי ספרד בצו אלהמברה. כ-100,000 פליטים ספרדיים מצאו מקלט בפורטוגל תחת מלך ז׳ואאו השני. אך ב-1496, כחלק מהסכם נישואים עם ספרד, הורה מנואל הראשון גם הוא על גרוש היהודים מפורטוגל.
הגרוש הפורטוגלי היה שונה מהספרדי: במקום לאפשר יציאה, הורה המלך להמיר את ילדי היהודים בכפייה, ובכך להשאירם בארץ. רוב היהודים הבוגרים גם כן "הומרו" בטכס כפוי, ונעשו לנוצרים חדשים — Cristãos Novos — שנקראו גם Marranos או Conversos.
האנוסים — יהודים בסתר
אלפי משפחות, שניטלה מהן הזהות היהודית בכפייה, המשיכו לשמור בסתר על מנהגים יהודיים: הדלקת נרות בערב שבת בחדרים נסתרים, קיום פסח בחשאי, שמירת כשרות במסתור. האינקוויזיציה הפורטוגלית, שהוקמה ב-1536, רדפה אחריהם במשך מאות שנים.
ה-Auto-da-fé — "מעשי האמונה" — היו טכסים פומביים שבהם נשפטו אנוסים ולעתים נשרפו על המוקד. אלפים מתו, רבים אחרים ברחו לאמסטרדם, לאיטליה, לאימפריה העות׳מאנית — ויצרו שם קהילות ספרדיות-פורטוגליות מפוארות.
שרידות ופיוס — המאה ה-20 ועד היום
בשנת 1910, עם הקמת הרפובליקה הפורטוגלית, בוטל איסור ישיבת יהודים בפורטוגל. קהילות יהודיות קטנות שבו לפורטוגל. בשנות השלושים של המאה ה-20, בזמן השואה, שימשה פורטוגל תחנת מעבר להצלה של אלפי פליטים יהודים אירופיים.
ב-2016 עשתה פורטוגל צעד היסטורי של פיוס: חוק האזרחות לצאצאי מגורשי ספרד ופורטוגל אפשר לאלפי יהודים ברחבי העולם לבקש אזרחות פורטוגלית. זהו אקט מרפא חשוב המכיר בעוול ההיסטורי.